Sequence Mapping and Assembly Assessment Project (SMAAP)

La seqüenciació del genoma humà, que es va completar el 2001, va tardar uns deu anys i tingué un cost aproximat de 3.000 milions de dòlars. El projecte va ser fruit d’una col·laboració internacional de diversos centres de seqüenciació a gran escala, amb milers de professionals i centenars d’equips seqüenciadors. Des d'aleshores, les tecnologies per a la seqüenciació de l'ADN han evolucionat dràsticament. Des de 2005 la comunitat científica disposa de nous mètodes de seqüenciació de segona generació que permeten la seqüenciació exitosa de grans genomes amb molta més rapidesa i a un cost molt menor en relació als sistemes tradicionals (o “de Sanger”) de seqüenciació.

Una cinquantena d’equips de recerca, d’Espanya, Gran Bretanya, Itàlia, Rússia, França, Alemanya, Canadà i la Xina, es reuniran els dies 5, 6 i 7 d’abril a Barcelona en la “Sequence Mapping and Assembly Assessment Project dnGASP/RGASP3 Workshop” (SMAAP), una competició d’avaluació bioinformàtica per comparar i determinar les millors eines de seqüenciació, mapatge i assemblatge genòmic i llegir dades de l'alineació usant eines de seqüenciació de segona generació. Els participants en aquesta trobada competitiva han estat seleccionats per haver presentat les millors propostes de resolució d’anàlisi genòmica a un repte plantejat per un comitè científic.

És la primera vegada que s’organitza a l’Estat espanyol una trobada científica amb aquestes característiques competitives i que obre el camí per dur a terme una nova manera de fer ciència. L’SMAAP planteja un concurs d’idees a través d’una competició entre els investigadors que han presentat les millors solucions d’avaluació informàtica. Els grups de recerca que participen en aquesta trobada competitiva han hagut de resoldre un problema determinat sobre l’anàlisi genòmica. Els projectes presentats aporten solucions en el marc de l’RGASP3 (RNASeq Genome Annotation Assessment Project 3) i el dnGASP (de novo Genome Assembly Assessment Project).

L’SMAAP està organitzada pel Centre Internacional per al Debat Científic (CIDC), una iniciativa de Biocat impulsada per l’Obra Social “la Caixa”, el Centre de Regulació Genòmica (CRG) i el Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG). I compta amb el suport de la Wellcome Trust Sanger Institute (WTSI); l’European Bioinformatics Institute (EBI); el Revolutionary Approaches and Devices for Nucleic Acid analysis (RADNA) i l’ Encyclopedia Of DNA Elements (ENCODE).